Yayasan yang membawahi SMA Islam Terpadu Abu Bakar Boarding dan Fullday School Yogyakarta adalah Yayasan Pendidikan Islam Terpadu Abu Bakar.
Adapun personalia yang duduk di yayasan ini adalah sebagai berikut:
Penasihat
Drs. H. Sunardi Syahuri
H. Cholid Mahmud, M.T.
H. Cholid Mahmud, M.T.
Ketua Yayasan
Drs. Eri Masruri
Sekretaris
Muhaimin, S.H. Kn.
Bendahara
Dr. Ir. H. Adam Pamudji Raharja, M. Sc.
Bidang Pendidikan Pengajaran
Drs. Mujidin, M. Psi.
H. Boedi Dewantoro, S.H.
Drs. Ahmad Agus Sofwan
H. Boedi Dewantoro, S.H.
Drs. Ahmad Agus Sofwan